Если нет возможности удалить склад, то можно поставить галочку в настройках склада “Склад не используется” и после установки этой галочки, нажать сохранить. Таким образом склад пропадет из всех фильтров и вся номенклатура станет недоступна, которая будет на складе. Потому необходимо все нужные позиции со склада который не используется, переместить на другие склады.